Das Ludwik Fleck Zentrum ist als eigenständige Organisationseinheit Teil des Collegium Helveticum und hat seinen Sitz ebenfalls in der Semper-Sternwarte an der Schmelzbergstrasse 25 in Zürich. Die für den Betrieb des Ludwik Fleck Zentrums erforderliche Infrastruktur wird vom Collegium Helveticum zur Verfügung gestellt.
Das Ludwik Fleck Zentrum wird von einem wissenschaftlichen Geschäftsleitungsmitglied des Collegium Helveticum geleitet, das vom Leiter des Collegium Helveticum ernannt wird. Seit der Gründung am 7. Juli 2005 wird diese Funktion von Prof. Dr. Johannes Fehr wahrgenommen. Zu seinen vorrangigen Aufgaben gehören der Aufbau sowie die Planung und Durchführung der Aktivitäten des Ludwik Fleck Zentrums. Dabei wird er unterstützt von Rainer Egloff als wissenschaftlichem Mitarbeiter und von Martin Schmid als Beaufgtragtem für Öffentlichkeitsarbeit.
Der Leitung des Ludwik Fleck Zentrum steht ein international besetzter wissenschaftlicher Beirat unter dem Präsidium des Leiters des Collegium Helveticum beratend zur Seite.
Wissenschaftlicher Beirat
Gerd Folkers (Vorsitz), Collegium Helveticum, Zürich
Bozena Choluj, Collegium Polonicum, Europa-Universität Viadrina, Frankfurt (Oder)
Rivka Feldhay, Cohn Institute for the History and Philosophy of Science and Ideas, Tel Aviv University
Erich Graf, Institut für Sonderpädagogik, Universität Zürich
Michael Hagner, Professur für Wissenschaftsforschung, ETH Zürich
Markus Klingberg, Paris
Ilana Löwy, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale, Paris
Jacques Picard, Institut für Jüdische Studien an der Universität Basel
Hans-Jörg Rheinberger, Max-Planck-Institut für Wissenschaftsgeschichte, Berlin
Thomas Schnelle, Quickborn
Georg Schönbächler, Zürich
Jakob Tanner, Forschungsstelle für Sozial- und Wirtschaftsgeschichte, Universität Zürich